1409 թ. մայիսին Պրահայում գուստյան հուզումները և չեխերի ու գերմանացիների բախումների հետևանքով Կարլովյան համալսարանի պրոֆեսորներն ու ուսանողները լքել են Չեխիան և հաստատվել Լայպցիգում: Քաղաքի այն ժամանակվա իշխողներ Ֆրիդրիխ 1-ին Զորականը և Վիլհելմ 2-րդ Հարուստը անմիջապես նրանց տրամադրել են տարեկան 500 գուլդեն նոր համալսարանի պահպանության համար:
1409 թ. դեկտեմբերի 2-ին աստվածաբան Հովհաննես Օտտո ֆոն Մյունստերբերգը կարդացել է համալսարանի կանոնակարգը:
Ի սկզբանե համալսարանը ունեցել է չորս ֆակուլտետ՝ ազատ արվեստների, աստվածաբանության, բժշկության և իրավունքի: Հաջորդ տարիների ընթացքում պրոֆեսորների, ուսանողների, դրա հետ մեկտեղ` նաև քաղաքի բնակչության թիվը կտրուկ աճել է:
