Եղիա աբեղա Խաչատրյանը բաց նամակով դիմել է Ամենայն Հայոց կաթողիկոս Գարեգին Բ-ին: Նամակում մասնավորապես ասվում է.
«Վեհափա՛ռ Տէր,
Բաւական երկար ժամանակ լրջօրէն անդրադարձ ունենալով վերջին մի քանի ամիսներին իմ նկատմամբ կիրառուող անտեղիտալի հալածանքների զարգացումներին, ի վերջոյ ստիպուեցի Ձերդ Սրբութեան բարձր ուշադրութեանը յանձնել հետեւեալ գրութիւնս:
Փարիզում աւարտելով աստուածաբանական բարձրագոյն ուսման դասընթացը` Ձերդ Սրբութեան թելադրութեամբ անցեալ տարուայ Սեպտեմբերին վերադարձայ Սուրբ Էջմիածնի Մայրավանք` ստանձնելով Գէորգեան ճեմարանի փոխտեսչի պաշտօնը: Առաջին օրուանից լծուեցի իմ հոգեւոր ծառայութեանը` բարձր գիտակցութեամբ, ամենայն պատասխանատուութեամբ, մեծ նախանձախնդրութեամբ ու խանդավառութեամբ: Ցաւ ի սիրտ, կարճ ժամանակ անց իմ բոլոր տեսիլքներն ու երազները յօդս ցնդեցին: Փոխտեսչի պաշտօնից ազատուելուց յետոյ ես չունեցայ որեւէ նոր նշանակում, եւ արդէն շուրջ վեց ամիս է, որ ես անորոշութեան մէջ եմ:
Իմ նկատմամբ դեռեւս ճեմարանից ձեւաւորուած եւ ապա միաբանական կեանքում ընդգծուած խիստ կողմնապահութիւնը, անբարեացակամ ու անհանդուրժող վերաբերմունքը, կապուած իմ հոգեւոր նկարագրի եւ աշխարհայեացքի հետ, ինձ մղեցին դառը յուսախաբութեան, գայթակղութեան, ինքնամեկուսացման եւ անելանելի կացութեան: Վերոյիշեալ խնդիրների առընչութեամբ քանիցս հանգամանօրէն զեկուցագրել եմ Ձերդ Սրբութեանը Յունուար 11, 2013, Փետրուար 14, 2013 եւ Յունիս 22, 2013 թուակիր նամակներով, սակայն հակառակ սպասուածին` գէթ իմ հարցով որեւէ դրական լուծում այդպէս էլ չարձանագրուեց:
Մնալով մենակ իմ խնդիրների հետ, որպէս յարմարագոյն լուծում ստեղծուած կացութեան դիմաց, փափագ յայտնեցի մշտական ծառայութեամբ մեկնել Երուսաղէմի հայոց պատրիարքարան, ինչն անկատար մնաց` Էջմիածին-Երուսաղէմ ներեկեղեցական յայտնի լարուածութեան պատճառով:
Ակնյայտ է, որ այսօրինակ միջավայրի ներքոյ Մայր Աթոռում ապրելը գնալով դառնում է անհնարին, իսկ մթնոլորտը` վանող: Հոգեպէս ընկճուած եւ տագնապած առկայ ապառողջ յարաբերութիւններից` ձեռք բերեցի նաեւ առողջական խնդիրներ:
Վեհափա՛ռ Տէր, ելնելով այս իրավիճակից` այսու գրութեամբ տեղեկացնում եմ Ձերդ Վեհափառութեանը, որ այս պահից սկսեալ հրաժարւում եմ Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի միաբանութեան անդամութիւնից` հաստատուն մնալով իմ քահանայական կոչման եւ կարգի մէջ:
Առ Աստուած աղօթքով մաղթում եմ Ձեզ գործոց յաջողութիւններ եւ ամենայն բարիք:
Որդիական խոնարհութեամբ
մատչիմ ի համբոյր Ձերդ Սրբութեան Օծեալ եւ Սուրբ Աջոյն
Եղիա աբեղայ Խաչատրեան»:
