Երբ մեկնարկեց 1988-ի համազգային շարժումը, Խաչիկ Ստամբոլցյանն աշխատում էր ՀՀ ԳԱԱ փորձարարական կենսաբանության ինստիտուտում որպես կրտսեր գիտաշխատող: Նրա գործընկերները պատմում են, որ Ստամբոլցյանի ակտիվության հետագիծը տանում է մինչև 90-ականների կեսեր, երբ նա նախաձեռնում էր կիսաընդատակյա հանդիպումներ, ժողովներ բնապահպանական թեմաներով:
Քննարկումների հիմնական թեմաներն էին «Նաիրիտը», Մեծամորի ԱԷԿ-ը: Այս թեմաները Ստամբոլցյանի ու մյուս «կանաչների» հետ եկան համազգային շարժման օրակարգ: Հետագայում ժողովուրդը «Նաիրիտի», Մեծամորի ԱԷԿ-ի փակումը կապեց հիմնականում Խաչիկ Ստամբոլցյանի անվան հետ` նրան մեղադրելով Հայաստանի տնտեսությանը հասցված վնասի համար: Արդարությունը, սակայն, ստիպում է արձանագրել, որ արդյունաբերական և էներգետիկ հսկաների ռիսկայնության վերաբերյալ կասկածներ առաջացան նաև Մոսկվայի և Երևանի կոմունիստական իշխանությունների մոտ, երբ 1988-ի դեկտեմբերի 7-ին տեղի ունեցավ Սպիտակի ավերիչ երկրաշարժը:
Շարժման տարիներին Ստամբոլցյանը հիմնադրել ու ղեկավարել է «Գթություն» կազմակերպությունը, որը կոչված էր բարեգործական ծրագրեր իրականացնել հանրապետությունում։ Կոմունիստական իշխանության նկատմամբ հասարակության տոտալ անվստահության պայմաններում այդ կազմակերպությունը դարձել էր համազգային գթության խորհրդանիշը: 88-90թթ-ին Խաչիկ Ստամբոլցյանն ուներ այնքան հեղինակություն, որքան` «Ղարաբաղ» կոմիտեի անդամները:
Պատահական չէ, որ երկրաշարժին հաջորդած օրերին նա, կոմիտեի անդամների հետ միասին, ձերբակալվեց: Ի դեպ, Խաչիկ Ստամբոլցյանը, շարժման մի քանի գործիչների հետ միասին, կոմունիստական իշխանության տարիներին ընտրվեց ՀԽՍՀ 11-րդ գումարման Գերագույն խորհրդի պատգամավոր: Կոմունիստական իշխանության տապալումից հետո հանրության վերաբերմունքը Խաչիկ Ստամբոլցյանի հանդեպ արմատապես փոխվեց: ՀՀՇ-ի իշխանության առաջին տարիներին նա Գերագույն խորհրդում ղեկավարում էր աղետի գոտու խնդիրներով զբաղվող մշտական հանձնաժողովը:
Մարդիկ Խաչիկ Ստամբոլցյանին մեղադրում էին, որ որպես «Գթություն» կազմակերպության ղեկավար՝ իր ձեռքն է կենտրոնացրել Սպիտակի երկրաշարժի հետևանքով աղետի գոտու կարգավիճակ ստացած բնակավայրերին հասցեագրված ամբողջ օգնությունը, և այդ օգնությունը տնօրինել ըստ իր անձնական ցանկության ու հիմնականում ոչ միշտ իր նպատակին ծառայեցնելով։ Դժվար է ասել` ինչքանով են հիմնավոր այդ մեղադրանքները, բայց փաստն այն է, որ 1994-ից սկսած` Խաչիկ Ստամբոլցյանին իրենից օտարեց ոչ միայն կառավարող ՀՀՇ-ն, այլ նաև` ընդդիմությունը: Շարժման տարիներին Խաչիկ Ստամբոլցյանը համազգային գթության խորհրդանիշ էր, հետո դարձավ համազգային անեծքի թիրախ: