2001թ. այս օրը Հովհաննես Պողոս Բ պապը Գարեգին Բ կաթողիկոսի հետ միացյալ հայտարարությամբ դատապարտեց 1915թ. Հայոց ցեղասպանությունը:
Հայաստանում քրիստոնեությունը պետական կրոն հռչակելու 1700- ամյակի տոնակատարություններին մասնակցելու նպատակով Հռոմի Հովհաննես-Պողոս Երկրորդ պապը եռօրյա այցով ժամանել էր Հայաստան: Նրա այցը Հայաստան նախատեսված էր Գարեգին Ա կաթողիկոսի հրավերով, որը սակայն չկայացավ Գարեգին Ա կաթողիկոսի հիվանդության պատճառով:
Նա Հռոմի առաջին քահանայապետն էր, որ Ամենայն հայոց կաթողիկոսի հրավերով եղբայրական այց կատարեց Հայաստան: Նա նաև Կաթոլիկ եկեղեցու առաջին հովվապետն էր, որ ճանաչեց Հայոց ցեղասպանությունը և դատապարտեց այդ ահավոր ոճրագործությունը:
