Wikileaks-ի կողմից 2009թ-ի մայիսի 8-ին Հայաստանում ԱՄՆ դեսպան Մարի Յովանովիչի և ՀՀ երկրորդ նախագահ Ռոբերտ Քոչարյանի հանդիպման մասին հրապարակված զեկույցից պարզվել է, որ Ռ.Քոչարյանը ԱՄՆ դեսպանին իր թերահավատությունն է հայտնել «Հազարամյակի մարտահրավերներ» ծրագրի մասին և ասել է. «Դա ամենամեծ բլեֆն էր»` նշելով, որ ծրագրի նախնական փուլում բազմաթիվ քննարկումներ են եղել, թե ինչպես օգնել Հայաստանին, սակայն ի վերջո ոչինչ էլ չի իրականացվել այդ ծրագրի շրջանակներում:
Քոչարյանը նշել է, որ ծրագրի գումարներից ոչ մի կոպեկ չի ծախսվել իր նախագահության շրջանում: Նա մասնավորապես նշել է, որ երբեք չի հավատացել ծրագրի կենսունակությանը, քանի որ դրա նպատակները երկու հակառակ ուղղություն ունեն:
Դեսպան Յովանովիչը հերքել է Քոչարյանի խոսքերը և առաջարկել ծանոթանալ Հայաստանում «Հազարամյակի մարտահրավեր»-ի իրականացվող ծրագրերին: Յովանովիչը նշել է, որ Հայաստանի գյուղատնտեսությանը այդ ծրագրի շրջանակներում մեծ օժանդակություն է ցուցաբերվում:
Քոչարյանը նաև նշել է, որ ինքը չի հասկանում, թե ինչ պատճառով է ԱՄՆ սառեցրել ծրագիրը, ինչին ի պատասխան Յովանովիչն ասել է, որ նման որոշումը կայացվել է 2008թ-ի ընտրություններին հաջորդած բռնությունների կապակցությամբ: Քոչարյանն իր կողմից ավելացրել է, որ ծրագիրը չպետք է քաղաքականացվեր, իսկ Միացյալ Նահանգները չպետք է որևէ մեկին ճնշումների ենթարկեր և կասեցներ երկրի զարգացմանն ուղղված ծրագրերը:
