Լիլիթ Սահակյանն աշխատում է ՀՀ ԳԱԱ Էկոլոգանոոսֆերային հետազոտությունների կենտրոնում, ղեկավարում է Շրջակա միջավայրի երկրաքիմիայի բաժինը և, միևնույն ժամանակ, դասախոսում է նույն կենտրոնում գործող ամբիոնում` «Շրջակա միջավայրի երկրաքիմիա» և «Հետազոտության տրամաբանություն»: