1920 թ. խորհրդային բանակի ներխուժումը Հայաստան նոր փորձությունների սկիզբ դարձավ Հայոց Եկեղեցու համար, ինչը ձգվեց ավելի քան 70 տարի։ Համայնավար վարչակարգը, պաշտոնապես հռչակելով անաստավածությունը որպես գաղափարախոսություն, սկսեց հալածել կրոնն ու եկեղեցին։ Ավելի ուշ առգրավվեց եկեղեցական ողջ ունեցվածքը՝ ծիսական սպասքը, թանգարանային նմուշները, ձեռագրական հարստությունը, հողակտորները, քանդվեցին կամ պահստների ու ախոռների վերածվեցին հարյուրավոր եկեղեցիներ (մնացել էր ընդամենը 4 եկեղեցի, իսկ 800-ը փակվել հիմնականում վարչական եղանակով), ստեղծվեցին եկեղեցու ոչնչացմանը միտված մի քանի կազմակերպություններ։ Նման ծանր պայմաններում անգամ Գևորգ Ե Կաթողիկոսը հաջողեցրեց փոփոխել եկեղեցական տոմարը, հիմնել Գերագույն Հոգևոր Խորհուրդը, հաստատել ազգային-եկեղեցական ժողովի կանոնադրությունը։
Ի թիվս 30-ական թվականներին մահվան դատապարտված և աքսորված բազմաթիվ հոգևորականների (ավելի քան 200 հոգի), խորհրդային ռեպրեսիաների զոհը դարձավ նաև Խորեն Ա Մուրադբեկյան կաթողիկոսը (1932-1938 թթ.), ով սպանվեց իր առանձնասենյակում խորհրդային գործակալների ձեռքով։ 1941 թ. սկիզբ առած Հայրենական Մեծ պատերազմի տարիներին Հայոց Եկեղեցին իր փոքր հնարավորություններով հանդերձ կանգնեց պետության կողքին՝ Գևորգ արքեպիսկոպոս Չորեքչյանի նախաձեռնությամբ հանգանակություններ և ռազմական ուժ («Սասունցի Դավիթ» և «Գեներալ Բաղրամյան» տանկային շարասյուներ) ուղարկելով ռազմաճակատ։ Այս փաստը փոքր-ինչ փոխեց խորհրդային կառավարության մոտեցումը Հայոց Եկեղեցու նկատմամբ, ինչի արդյունքում 1945-ին թույլատրվեց Կաթողիկոսական ընտրություններ անցկացնել (ընտրվեց Գևորգ Զ Չորեքչյանը, 1945-1954 թթ.), հրատարակել «Էջմիածին» պաշտոնական ամսագիրը, բացվեց Հոգևոր Ճեմարանը: Գևորգ կաթողիկոսով սկսվեց վերազարթոնքի նոր փուլ, որը շարունակվեց նաև Վազգեն Ա Պալճյան (1955-1994 թթ) հայրապետի օրոք։
88-ի համազգային շարժումը, ԼՂ Խնդիրն երբեք կրոնական աստառ չեն ունեցել, սակայն շարժման օրակարգում մշտապես եղել են Հայ Առաքելական եկեղեցու պատմական առաքելության վերաարժևորմանը, խղճի ազատությանը վերաբերող հարցեր: Այսինքն, կրոնական ազատությունների թեման եղել է երկրի դեմոկրատիզացիայի գործընթացի համատեքստում: Մյուս կողմից`
Երրորդ հանրապետությունը, նույնիսկ օրենսդրորեն, չկարողացավ ձերբազատվել պետության և եկեղեցու սերտաճման գայթակղությունից, ինչը մարդու իրավունքների և ազատությունների հիմնարար խախտում է:
Մյուս կարևորագույն առաքելությունը, որը կարող էր կատարել համազգային շարժումը, Հայ Առաքելական եկեղեցու երկատվածության վերացումն էր: 1995-ին, երբ Հայաստանի նախագահ Լևոն Տեր-Պետրոսյանը նպաստեց Հայ Առաքելական Եկեղեցու Մեծի Տանն Կիլիկիո Կաթողիկոս Գարեգին Առաջինի ընտրությանը Ամենայն Հայոց կաթողիկոսի պաշտոնում, նրա հեռահար նպատակը երկու աթոռների միավորումն էր` որպես համազգային միասնության ակտ, պատմական արդարության վերականգնման գործընթաց: Սակայն Տեր-Պետրոսյանի ջանքերը հանդիպեցին ՀՅԴ համառ դիմադրությանը, որը շարունակում է Կիլիկիայի աթոռը օգտագործել իր քաղաքական նպատակների, գաղթօջախներում ազդեցությունը պահպանելու համար: Հուսանք, որ մի օր իրականություն կդառնա մեր եկեղեցու միավորումը: Շնորհավոր Սուրբ Ծնունդ: Քրիստոս ծնավ և հայտնեցավ. մեզ և ձեզ մեծ Ավետիս։ Օրհնյալ է հայտնությունը Քրիստոսի։ Ամեն
